恥ずかしながらまったく存在を知らなかったのですが、
IDEチャネルの転送モードがいつのまにかウルトラDMAからPIOモードへ変わってしまうという症状があるようで、最近PCが重いとかOSの起動がやたら遅いとかCubaseでちょっと重いVSTiを使うとロードが追いつかずノイズまみれになるとかデフラグがCドライブだけやたら遅いとか感じていた原因はこれでした。
http://d.hatena.ne.jp/mut3/20070122
プライマリIDEをいったん削除して解決。いやーすげぇ快適になったw